Симпатиите на Хитлер към католиците на са едностранни. Пачели също изпитва най-мили чувства към Хитлер като към свой съмишленик в борбата срещу комунизма.

През 1939 г Пий XI умира и на негово място е избран за папа 63-годишния Пачели. Скоро след избирането си той провежда съдбоносна среща с немските кардинали. В началото на срещата той се съветва с тях как да започне едно свое писмо до Хитлер: дали с думите "До славния хер Адолф Хитлер", или "До най-славния хер Адолф Хитлер". След това той казва на кардиналите, че неговият предшественик Пий XI е искал да премахне папското посолство в Берлин. Да се подържа такова посолство в Берлин, е казал Пий XI, "е против нашето достойнство". Пачели заявява, че Пий XI е сбъркал, и че той ще подържа добри дипломатически отношения с Хитлер.

Един месец след срещата с кардиналите, Пачели нарежда на своя посланик в Берлин - архиепископ Цезар Орсениго - да организира тържествен прием в чест на 50-тия рожден ден на Хитлер. Поздравленията от немските католически епископи до Хитлер по повод рождения му ден стават ежегодна традиция и продължават до самия край на фашистка Германия.

Коронацията на Пачели е най-помпозната от стотици години във Ватикана. Той си избира името Пий XII. Като папа, Пачели управлява авторитарно. Той винаги яде сам, а по време на разходките си нарежда на градинарите да се крият в храстите. Пачели забранява на своите висши служители да задават въпроси или да изказват свое мнение.